為引導大學關注教學現場，落實提升教學品質，維護學生平等受教權，並持續協助大學追求國際一流地位及發展卓越研究中心，教育部重新思考高教發展與資源分配因應對策，參酌各界意見研擬「高等教育深耕計畫」，分為第一部分「全面性提升大學品質及促進高教多元發展」：維護學生平等受教權及第二部分「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」：強化國際競爭力，兩大主軸推動，以改善教學品質及提升學習成效為核心，並鼓勵各大學在此基礎上發展多元能量；對於以培養研究人才為重心的學校，亦將持續編列合理穩定的經費全力協助發展，共同提升高等教育價值，並非以「齊頭式」的平等方式解決高等教育資源稀釋的問題。

教學、國際競爭、研究中心皆是「高等教育深耕計畫」重點。教學創新可延申至研究，國際競爭與研究中心也應該包含教學及人才培育之面向，改善過去各類競爭性計畫績效指標過多過細衍生大學同質化問題，高等教育深耕計畫已減少固定量化之簡化指標數量並由大學依發展需求自行訂定，以落實大學多元發展的目標。

一、第一部分「全面性提升大學品質及促進高教多元發展」

二、第二部分「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心」